החדר נקיבדרך כלל מאמצת מבנה סגור, אשר אינו כולל חלקיקים, חיידקים ומזהמים אחרים בטווח שטח מסוים, ושולט בטמפרטורה פנימית, ניקיון, לחץ פנימי, מהירות אוויר ופיזור אוויר, רעידות קול, תאורה וחשמל סטטי בטווח מסוים של ביקוש.
מצד אחד, השליטה באוויר הנקי בחדר הניקיון צריכה להעביר כל הזמן אוויר נקי לחדר הנקי, מצד שני כדי להאיץ את פינוי האוויר המזוהם מאוד. שמירה על לחץ חיובי מסוים בחדר הניקיון הוא אחד התנאים החיוניים על מנת להבטיח שלא יהיה מזוהם או פחות ולשמירה על רמת הניקיון.
על מנת להבטיח את ניקיון האוויר הדרוש בחדר נקי, ניתן לנקוט במגוון אמצעים מקיפים להשגה, המסוכמים כך: בקרת מקור, בקרת מקורות זיהום להפחתת כמות הזיהום.
ככל שניתן, הבחירה בטכנולוגיה וציוד זיהום קטן, או לקחת את הבידוד הדרוש ולחץ שלילי, על הצוות ללבוש בגדים נטולי אבק, ללבוש ללא אבק, ולאחר מטר הרוח, להפחית את המזהמים הנישאים על ידי הצוות, סחורה צריכה להיות גם באוצר מקלחת המטען לפני החדר נטול האבק.
סינון יעיל למניעת פלישת זיהום חיצוני לחדר
על פי דרישות הניקיון, מספר מקביל של מאווררי FFU מצוידים כדי להבטיח שמספר חילופי האוויר יגיע לתקן. ככל שרמת הניקיון גבוהה יותר, כך מספר האוורור גדול יותר. עבור בקרת לחץ חיובי פנימי, אמצעי לחץ חיובי משמשים בחדרים נקיים תעשייתיים ובחדרים נקיים ביולוגיים כלליים. 3. פריסה סבירה כדי לחסל ביעילות חלקיקי זיהום פנימיים
על פי גודל שטח החדר הנקי, בנו את הכיוון, עצבו את המיקום, הגודל והצורה של צינור ההחזרה, כך שהאוויר הפנימי יזרום לכיוון מסוים, כדי למנוע פינות מתות וזיהום משני, בסוף ביום, המפעיל צריך לעשות עבודה טובה של שולחן העבודה, הקרקע, ניקוי צואה.