הדרכים העיקריות להבטיח את ניקיון מכונת מילוי נוזל הפה הן:
1. שמור על הצינורות של מכונת המילוי נקיים. יש לשמור על נקיון כל הצינורות, במיוחד אלו שנמצאים במגע עקיף או ישיר עם חומרים. לשפשף כל שבוע ולהשקות כל יום.
2. בתהליך הייצור כדי להבטיח את היציבות הביולוגית של משקאות בבקבוק, עלינו לשלוט בזמן ובטמפרטורה, להבטיח את ההשפעה, אך גם להימנע מזמן ייבוש ארוך מדי או שהטמפרטורה גבוהה מדי, להפחית את חמצון המשקאות, כאשר סיום הקירור בהקדם האפשרי כדי שהטמפרטורה לא תעלה על 35 מעלות. למילוי בטמפרטורה נמוכה יש דרישות נמוכות למילוי משקאות. בדרך כלל, לא קל להקציף את המשקה בסביבת הטמפרטורה הנמוכה, מה שמסייע לעבודת המילוי.
לפני כל פעולת ציוד, יש להשתמש ב-0 ~ 1 מעלות מים כדי להפחית את הטמפרטורה של חריץ מכונת המילוי וצינור השינוע. כאשר טמפרטורת המילוי עולה על 4 מעלות, יש להפחית את הטמפרטורה לפני פעולת המילוי. השימוש במיכל בידוד תרמי, השקיה בטמפרטורה קבועה, כך שהחומר בזמן המילוי שצוין לשמור על טמפרטורה קבועה מסוימת, כדי למנוע את מכונת המילוי עקב שינוי טמפרטורה מופרז ועבודה לא יציבה. בנוסף, מכונת המילוי מבודדת מציוד אחר. חלק הסיכה של מכונת המילוי וחלק חומר המילוי צריכים למנוע זיהום צולב. יש להשתמש במי הסבון או בשמן הסיכה לשימון המסוע.

